linux command前十进

带带东百狗 · 发表于 2022-11-25 18:05:38

俺在分析新的测序结果，就是简单的从高通量测序结果中抓取特定的序列。

grep -o '.....CACGTG.....' rawdata.txt | agrep -2 -D5 -I5 CTCCTCACGTGGCCGG | uniq -c > gene_count_Ebox.txt

grep -o '.....CACGTG.....' rawdata.txt | agrep -2 -D5 -I5 CTCCTCACGTGGCCGG | sort | uniq -c > gene_count_Ebox.txt

俺之前用的是第二个带sort的命令，能生成文件，但是昨天却不行，今天按挨个尝试最后去掉了sort终于解决了不能生成数据的问题。

根据网上的介绍 SORT command is used to sort a file, arranging the records in a particular order.

这个命令就是从大到小或者从小到大排列数值8⃣️，发现没什么影响。俺不明白的是为什么这么一个简单的命令也能出问题

就是一条蛆 · 发表于 2022-11-25 18:17:00

建议交给公司

2塔 2022-11-25 18:17:00 收起回复

带带东百狗 2022-11-25 18:21

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大老板的理念是能自己做就自己做，因为自己做的才靠谱，美国不知道什么样，欧洲的NGS测序中心不是很靠谱，比如你指定用某个kit，但是他们不一定会按要求，所以俺大老板老生诟病这些测序机构，让这些机构处理你的样品是很危险的事情

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这么坑吗

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欧洲人很随意的

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普通的测序可靠吗，就是测pET系列的载体

bbuhot · 发表于 2022-11-25 18:48:57

linux shell环境变量的问题

3塔 2022-11-25 18:48:57 收起回复

带带东百狗 2022-11-25 19:24

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民工不懂

别克君悦 · 发表于 2022-11-25 19:35:34

意思是grep -o '.....CACGTG.....' rawdata.txt | agrep -2 -D5 -I5 CTCCTCACGTGGCCG 有输出但是加上|sort以后就没有？不可能啊，建议你把rawinput.txt上传一下好吧

4塔 2022-11-25 19:35:34 收起回复

带带东百狗 2022-11-25 21:41

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对。上传是指重新上传到server然后再用指令试一下吗，没用，我试了好几次，崩溃了，我这样的门外汉真难处理这种问题

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上传到哥谭让大家试一哈，还不行就写个Python脚本算了，至少比bash script容易debug

kuso · 发表于 2022-11-25 23:15:27

建议学习linux 从入门到退出

5塔 2022-11-25 23:15:27 回复收起回复

今天NGA被封了吗 · 发表于 2022-11-26 07:44:04

sort --unique

6塔 2022-11-26 07:44:04 回复收起回复

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